Кафедра физического воспитания была создана с момента основания института. Физическому воспитанию в Вузе традиционно уделялось большое внимание. Первое время учебные занятия проводились в маленьком спортивном зале, в помещении Чесменского дворца и на открытом воздухе возле самого здания, вокруг которого в 40-е – 50-е годы был пустырь. Первоначально на кафедре работали 6 преподавателей и 3 сотрудника лаборантского состава. Работали спортивные секции по 5 видам спорта. Численный контингент занимающихся составлял 280 человек.
В 1961 году институту было передано здание по улице Герцена, 67 (сейчас Большая Морская, 67) и занятия стали проводиться в великолепном спортивном зале. Зал нашего университета одно из лучших спортивных сооружений города. На четырех спортивных площадках общей площадью 1126 кв.м могут одновременно заниматься борцы, баскетболисты, группа аэробики и атлетическая группа. Стандарт спортивного зала и имеющееся оборудование позволяют проводить соревнования любого уровня, включая международный, по единоборствам, баскетболу, волейболу, бадминтону, большому теннису, аэробике.
Студенческий спортивный клуб ГУАП.